ATAC-Seq技術的原理是通過轉座酶Tn5容易結合在開放染色質的特性,然后對Tn5酶捕獲到的DNA序列進行測序。DNA轉座,是一種把DNA序列從染色體的一個區(qū)域搬運到另外一個區(qū)域的現象,由DNA轉座酶來實現。這種轉座插入DNA,也是需要插入位點的染色質是開放的,否則就會被高級結構給卡住。
轉座酶可以隨機結合并切割染色質開放區(qū)的DNA,并且可同時在切割位點插入接頭序列。如下圖,只要將攜帶已知DNA序列標簽的轉座復合物(即帶紅色和藍色序列標簽的Tn5轉座酶)加入到細胞核中一起孵育,再利用已知序列標簽進行PCR擴增即可形成文庫,經過測序就可以獲得染色質開放區(qū)的信息。
1、靈敏度高,細胞起始量低;
2、操作更簡單,優(yōu)化建庫、耗時短;
3、技術重復性強、成功率高;
4、檢測基因組組蛋白修飾、轉錄因子、轉錄調控子結合位點;
5、分析結果可視化,圖形化的展示peak的富集情況
樣本類型 | 建議送樣量 | 存儲介質 | 保存、運輸條件 |
凍存細胞 | >20 w | 1.將細胞重懸與凍存液(50% FBS+40%完全培養(yǎng)基+10% DMSO)中,每個凍存管加入≥20萬細胞 2.將凍存管(標記樣本名)放入程序降溫盒中,放入-80度冰箱,降溫6-24H后即可準備運輸 | -80℃冰箱保存,干冰運輸 |
新鮮細胞 | >10 w | 10%FBS常用培養(yǎng)基 | 運輸時使用碎冰4°運送,新鮮細胞懸液盡可能在4h內送達 |
動物組織 | >30 mg | / | 液氮速凍30min 后放于-80℃保存;干冰運輸 |
植物 | 葉片≥0.5g;莖≥1 g;根≥1 g | / | 液氮速凍樣本,然后用預冷的錫箔紙包裹儲存在-80°C,干冰運輸 |