單細(xì)胞ATAC測序(scATAC-seq)是基于10x genomics平臺(tái)的微流控和油滴包裹技術(shù),在單細(xì)胞水平對(duì)細(xì)胞染色質(zhì)開放區(qū)域進(jìn)行檢測的新技術(shù),可用于繪制細(xì)胞染色質(zhì)開放區(qū)的單細(xì)胞圖譜,是一種高分辨率研究染色質(zhì)開放程度與DNA結(jié)合蛋白調(diào)控基因的表達(dá)網(wǎng)絡(luò),在單細(xì)胞水平研究表觀遺傳學(xué)的有效手段。
染色質(zhì)可及性的早期研究技術(shù)是ATAC-seq(Assay for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing),該技術(shù)可進(jìn)行高通量測序的染色質(zhì)可及性(開放性)研究。10x Genomics 推出的 Chromium 單細(xì)胞 ATAC 解決方案提供了一種全面的、可擴(kuò)展的方法來研究分析單個(gè)樣本中成百上千個(gè)細(xì)胞中染色質(zhì)的開放情況??稍趩渭?xì)胞水平進(jìn)行多組學(xué)聯(lián)合分析,深度挖掘細(xì)胞異質(zhì)性表觀遺傳調(diào)控機(jī)理。
高通量的細(xì)胞捕獲,適用于細(xì)胞系、原代細(xì)胞、新鮮組織和凍存樣本的研究;
單細(xì)胞水平揭示細(xì)胞核內(nèi)染色質(zhì)可接近性的差異;
鑒定細(xì)胞類型特異的轉(zhuǎn)錄因子,深入研究轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò);
技術(shù)重復(fù)性強(qiáng)、成功率高;
樣本類型 | 建議送樣量 | 存儲(chǔ)介質(zhì) | 保存、運(yùn)輸條件 |
凍存細(xì)胞 | >20 w | 1.將細(xì)胞重懸與凍存液(50% FBS+40%完全培養(yǎng)基+10% DMSO)中,每個(gè)凍存管加入≥20萬細(xì)胞 2.將凍存管(標(biāo)記樣本名)放入程序降溫盒中,放入-80度冰箱,降溫6-24H后即可準(zhǔn)備運(yùn)輸 | -80℃冰箱保存,干冰運(yùn)輸 |
新鮮細(xì)胞 | >10 w | 10%FBS常用培養(yǎng)基 | 運(yùn)輸時(shí)使用碎冰4°運(yùn)送,新鮮細(xì)胞懸液盡可能在4h內(nèi)送達(dá) |
動(dòng)物組織 | >30 mg | / | 液氮速凍30min 后放于-80℃保存;干冰運(yùn)輸 |
植物 | 葉片≥0.5g;莖≥1 g;根≥1 g | / | 液氮速凍樣本,然后用預(yù)冷的錫箔紙包裹儲(chǔ)存在-80°C,干冰運(yùn)輸 |