10x Genomics Visium CytAssist空間轉(zhuǎn)錄組測序

10x Genomics Visium CytAssist Spatial Gene Exprssion

Visium FFPE 空間基因表達分析將組織學(xué)技術(shù)的優(yōu)勢與RNA測序的高通量和發(fā)現(xiàn)能力融入FFPE組織樣本中，可對病理學(xué)家主導(dǎo)的傳統(tǒng)分析進行補充。它能夠以高分辨率對整張組織切片進行分析，從空間上分析人和小鼠FFPE樣本中超過18,000個基因的RNA表達。通過全轉(zhuǎn)錄組分析能夠檢測任何通路中的任何基因，分辨組織異質(zhì)性，并在形態(tài)背景下揭示各種細胞類型和細胞狀態(tài)的空間分布。還可以結(jié)合免疫熒光（IF），同時觀察蛋白質(zhì)和基因表達。

技術(shù)原理

1. 空間位置標記 Visium的空間基因表達芯片有2-4個捕獲區(qū)。每個捕獲區(qū)域為6.5x6.5mm（或11x11mm）。捕獲區(qū)有~5000（或14000）個基因表達spot點，每個點包括標記空間位置的Spatial Barcode，以追溯RNA來源位置信息。

2. 全基因組探針捕獲 同單細胞Fixed RNA方案，CytAssist空轉(zhuǎn)也使用全基因組探針靶向雜交捕獲的方式，探針由左右臂組成，只有左右臂同時靶定目的區(qū)域才能進行連接被膠珠上的Poly(dT)VN捕獲。

基于以上兩點，單鏈連接產(chǎn)物在RNase處理和透化后從組織中釋放出來，然后在空轉(zhuǎn)載玻片上被捕獲。一旦連接產(chǎn)物被捕獲，探針經(jīng)過延伸后被添加上UMI、Spatial Barcode和TruSeqRead1。最終生成帶有空間條形碼的探針產(chǎn)物，繼續(xù)用于測序文庫的制備。

注意事項 暫時僅可支持人和小鼠，若需要做其他物種，可聯(lián)系我們做新鮮速凍組織空轉(zhuǎn)（一代）。

實驗流程