10x Genomics 單細胞轉錄組測序
10x Genomics Single Cell Gene Expression
基于微流控芯片和寡核苷酸分子標簽，可同時獲得500-10000個細胞的轉錄表達譜，以消除組織異質性，從單細胞水平解析疾病、藥物治療療效等深層細胞和分子機制，推動個性化醫(yī)療發(fā)展。
技術原理
1. 形成GEMs 基于微流控芯片形成油包水（GEMs），每個油包水內含有一個細胞、一個gel bead以及逆轉錄需要的引物試劑和酶等，單個GEM內可進行獨立逆轉錄反應互不干擾。
2. 標記細胞和RNA分子 Gel bead上帶有標簽，GEMs進行逆轉錄，可將10x barcode（10x BC，用來標記細胞)、UMI（標記本底RNA進行定量）加在每個mRNA分子上。
實驗流程
血液/組織 單細胞/核懸液 GEMs形成 文庫構建 測序 數(shù)據(jù)處理 數(shù)據(jù)可視化分析
數(shù)據(jù)分析
分析流程
分析結果展示
Cell Ranger分析 細胞聚類分析 細胞類型注釋
marker 基因熱圖 功能富集分析 擬時分析
研究方向
文獻案例
論文標題：Allosteric inhibition reveals SHP2-mediated tumor immunosuppression in colon cancer by single-cell transcriptomics
中文標題：通過單細胞轉錄組學變構抑制揭示結腸癌中SHP2介導的腫瘤免疫抑制
發(fā)表期刊：Acta pharmaceutica Sinica. B
發(fā)表時間：2022年1月 影響因子：14.5
技術方法：scRNA-seq 研究單位：南京大學生命科學學院
主要研究內容：研究者利用小鼠腫瘤組織進行了單細胞RNA 測序，以探索 SHP2 在小鼠 MC38 異種移植物腫瘤微環(huán)境(TME)的所有細胞類型中的作用。研究表明，腫瘤內細胞被發(fā)現(xiàn)具有功能異質性，并且對 SHP099（一 種 SHP2 變構抑制劑）有顯著反應，SHP099顯著抑制了腫瘤細胞的惡性進化。
總的來說，研究數(shù)據(jù)揭示了 SHP2 介導的先天免疫抑制機制，表明 SHP2 是結腸癌免疫治療的一個有希望的靶點。 單細胞測序有助于理解細胞異質性，揭示生物發(fā)育的細胞命運決定和差異化路徑。
送樣要求
