10x Genomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序
技術(shù)原理
1. 形成GEMs 基于微流控芯片形成油包水(GEMs),每個油包水內(nèi)含有一個細(xì)胞、一個gel bead以及逆轉(zhuǎn)錄需要的引物試劑和酶等,單個GEM內(nèi)可進(jìn)行獨立逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)互不干擾。
2. 標(biāo)記細(xì)胞和RNA分子 Gel bead上帶有標(biāo)簽,GEMs進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄,可將10x barcode(10x BC,用來標(biāo)記細(xì)胞)、UMI(標(biāo)記本底RNA進(jìn)行定量)加在每個mRNA分子上。
實驗流程
血液/組織 單細(xì)胞/核懸液 GEMs形成 文庫構(gòu)建 測序 數(shù)據(jù)處理 數(shù)據(jù)可視化分析
數(shù)據(jù)分析
分析流程
分析結(jié)果展示
Cell Ranger分析 細(xì)胞聚類分析 細(xì)胞類型注釋
marker 基因熱圖 功能富集分析 擬時分析