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10x Genomics 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序
10x Genomics Single Cell Gene Expression
基于微流控芯片和寡核苷酸分子標(biāo)簽,可同時獲得500-10000個細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄表達(dá)譜,以消除組織異質(zhì)性,從單細(xì)胞水平解析疾病、藥物治療療效等深層細(xì)胞和分子機制,推動個性化醫(yī)療發(fā)展。
技術(shù)原理


1. 形成GEMs 基于微流控芯片形成油包水(GEMs),每個油包水內(nèi)含有一個細(xì)胞、一個gel bead以及逆轉(zhuǎn)錄需要的引物試劑和酶等,單個GEM內(nèi)可進(jìn)行獨立逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)互不干擾。 

2. 標(biāo)記細(xì)胞和RNA分子 Gel bead上帶有標(biāo)簽,GEMs進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄,可將10x barcode(10x BC,用來標(biāo)記細(xì)胞)、UMI(標(biāo)記本底RNA進(jìn)行定量)加在每個mRNA分子上。

實驗流程

     血液/組織   單細(xì)胞/核懸液                          GEMs形成             文庫構(gòu)建                  測序                      數(shù)據(jù)處理               數(shù)據(jù)可視化分析

 

數(shù)據(jù)分析

分析流程



分析結(jié)果展示
                               Cell Ranger分析                                   細(xì)胞聚類分析                                 細(xì)胞類型注釋

   
                        marker 基因熱圖                                             功能富集分析                                    擬時分析

研究方向

文獻(xiàn)案例

論文標(biāo)題:Allosteric inhibition reveals SHP2-mediated tumor immunosuppression in colon cancer by          single-cell transcriptomics 

中文標(biāo)題:通過單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)變構(gòu)抑制揭示結(jié)腸癌中SHP2介導(dǎo)的腫瘤免疫抑制 

發(fā)表期刊:Acta pharmaceutica Sinica. B     

發(fā)表時間:2022年1月 影響因子:14.5                                       

技術(shù)方法:scRNA-seq 研究單位:南京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院

主要研究內(nèi)容:研究者利用小鼠腫瘤組織進(jìn)行了單細(xì)胞RNA 測序,以探索 SHP2 在小鼠 MC38 異種移植物腫瘤微環(huán)境(TME)的所有細(xì)胞類型中的作用。研究表明,腫瘤內(nèi)細(xì)胞被發(fā)現(xiàn)具有功能異質(zhì)性,并且對 SHP099(一     種 SHP2 變構(gòu)抑制劑)有顯著反應(yīng),SHP099顯著抑制了腫瘤細(xì)胞的惡性進(jìn)化。

總的來說,研究數(shù)據(jù)揭示了 SHP2 介導(dǎo)的先天免疫抑制機制,表明 SHP2 是結(jié)腸癌免疫治療的一個有希望的靶點。 單細(xì)胞測序有助于理解細(xì)胞異質(zhì)性,揭示生物發(fā)育的細(xì)胞命運決定和差異化路徑。


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